K现在是一位邮差,但身边都是一些外星人在帮他工作，由于他自己把自己的记忆清除了根本忘记了J，于是J开始帮助K进行记忆恢复，故事由此展开……黑衣人2的剧情紧接着黑衣人1的剧情，邪恶的外星女王来到地球寻找统治宇宙万物的关键外星人，但是只有K才知道关键外星人的藏匿处，J必须让K赶紧恢复记忆，才能阻止邪恶的外星女王进行统治地球的行动。这对最佳搭档终于又走到一起，向外星人宣战了…
"J"（威尔·史密斯）在第一集中与带领自己入门的老搭档一别之后，已经成长为一名经验丰富、无往不利的老练干探。但在了结一次看似普通的案件时，"J" 的直觉感到案件还存有疑点。深入调查后，他发现此案背后其实蕴藏着一个颠覆地球的邪恶计划。而这邪恶计划的始作蛹者便是外星人瑟琳娜（Serleena，罗拉·弗琳·鲍儿扮演）。瑟琳娜为了达到其统治地球的目的，摇身一变为美丽性感的女模特，混入MIB大厦并以整座大厦的安危作要挟，要J交出关键外星人。同时，为毁灭瑟琳娜的阴谋，营救被困人质，势单力薄的警探"J"只有去找昔日搭档"K"(汤米·李·琼斯)。
MIB老将"K"在被洗去记忆退休后，长期任职于 "最枯燥乏味"的美国邮政系统，完全不知道外星人就在自己的身边。对于"K"来说，工作虽然平淡单调，但是这种简单轻松的日子却正是他梦寐以求的生活。"K"享受着与妻子的温馨生活，外星人的阴谋已激不起他的战斗意识。"J"只有恢复"K"的记忆，两人才能拿起装备，并肩作战。好在不用我们来操心"K"的复出，经过几个掺七杂八的笑料回合，这对皇牌搭档终于又走到一起，为捍卫地球而战斗。
