(1)研发费用投入强度：在没有可期的经济效益或社会效益情况下，一般企业倾向于减少研发费用的发生，利用较低的研发成本获得较高收益。例如独立开发能力欠缺的情况下采取委托开发方式，前期采取跟随战略进行模仿(仿制药)，这些都是市场经济下正常的行为，前提是符合相关政策法规。研发投入的高低能否证明企业的创新能力呢?显然不是，例如研发投入分别为5元和10元，但产生的收益均为100元，那么这两种情况下，哪个更有价值?很显然是投入5元产出100元更符合市场行为，但导入到高企指标中，5比100，与10比100，后者研发比例更高，反而得到优待，这样的情形下我们需要重新考虑指标的合理性。

　　(2)研发投入产出的周期性：研究开发是一个验证可行性的科学行为，面临较大的风险和不确定性，新产品的诞生初期以研究开发投入为主，当期并不会产生较大的收益，不同行业有不同的行业周期，一般在半年到五年之间不等，如软件类可能在半年甚至更短，生物医药类可能在5年或更久，那么在这种情况下，以研发费用占收入比例进行判定则有些偏颇，背离了政策具有引导性的初衷。

　　(3)研发费用构成：研究开发活动是为获得科学与技术新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品(服务)、工艺而持续进行的具有明确目标的活动。在这个活动中主要分为研究阶段和开发阶段，研究阶段目的在于通过前期的市场调研、技术调研、产业分析等降低开发风险，提高效益，好的研究开发工作通常会在研究阶段投入大量的人力物力和财力;开发阶段主要涉及到材料投入、仪器设备无形资产摊销、检验检测调试费，以及直接相关的辅助费用，如咨询费、知识产权费、会议费，知识产权中相关专利检索费、分析评议费、代理费、诉讼费等与企业研究开发紧密相关的费用是否可以从其他费用中摘出来是值得考虑的。

　　(4)委托开发费用：由前文引出的开发方式，为了鼓励企业开展多种形式的技术交流活动，应考虑取消“委托外部研究开发费用的实际发生额应按照独立交易原则确定，按照实际发生额的80%计入委托方研发费用总额”内容，原因在于一鼓励多种形式技术合作，多维度创新，二是便于财务核算及评价，引导研发投入。

　　4)科技成果转化评价

　　科技成果具有三层含义：通过研究开发所产生;具有实用价值;通过鉴定、验收、评估、评价等路径是成熟的结果，科技成果与专利、软著等知识产权不能混同，一项科技成果可能是多项知识产权加以保护，工作指引中并未对此详细阐述，导致技术专家在评价时不能准确判定。另外企业的核心在于获得收益，而不能照搬《促进科技成果转化法》中有关条款，应结合企业实际，根据不同行业属性和不同规模进行分类评价，举例如新药类企业、农业深加工与软件开发类企业对其成果转化能力进行评价时就不能简单用数量进行评价。由于本项在评分环节占据了30分，所以企业对此争议很大，由于误判而导致部分新兴产业企业无法通过认定。

　　在新的认定办法出来之前，征求意见稿中科技成果转化能力为20分，组织管理水平为30分，笔者倾向于征求意见稿，因为只有组织管理水平才是高新技术企业的核心，也是推动企业不断提高管理能力的重要动力。企业不是所谓成果产生的主体，科技成果一词多见于大学科研院所，对于企业而言既陌生又无法理解，认可度较差。既然前置的科技成果无法认可，那么后面所讲转化数量及转化形式更是五花八门，导致很多争议。设置此项是为了促进企业发展，而不是让企业去做科技成果转化，目的和手段的逻辑关系不能倒置，否则就是背离了政策初衷。

　　5)财务指标评价

　　财务性指标占有评分标准中20分，有的企业为了财务指标好看而出现了部分造假情况，由此我们应该反思此项评价是否合理。企业的发展具有一定的波动性，同时受制于市场经济发展，较高的研发投入与财务较高增长性是负相关关系，所以财务指标简单的量化是无法判定一个企业的技术含量的。由于财务成长性又依赖于计数基数，对于成立多年的企业显然有失公平，导致很多成熟期的企业不能获得较高评价。成熟期企业在组织管理方面更完善，技术更成熟、人员更稳定，但由于财务指标的不合理性反而给出了相反评价，显然不符合促进经济发展的初衷，在后续办法修订时应考虑其指标存在的合理性。

　　6)认定时效